化学清洗常用无机酸和有机酸作清洗主剂。无机酸有盐酸、硫酸、硝酸、磷酸、氢氟酸和氨基磺酸等，溶解力强速度快，效果明显，费用低。但即使有缓蚀剂存在，对金属材料的腐蚀性仍很大，易产生氢脆和应力腐蚀，并在清洗过程中产生大量酸雾，造成环境污染。
有机酸有柠檬酸、甲酸、草酸、羟基乙酸、酒石酸、EDTA(乙二胺四乙胺)、PMA(聚马来酸)、PAA(聚丙烯酸)、HEDP(羟基亚乙基二磷酸)、EDTMP(乙二胺亚甲基磷酸)等。有机酸大多为弱酸，不含有害的氯离子成分，对设备本体腐蚀倾向小。有机酸对垢的溶解速度较慢，清洗温度要在80℃以上，清洗时间要长一些，成本高，适用于清洗贵重设备。