逆流离子交换器的运行操作和顺流式没有区别，它们的差别主要是再生操作。根据定压的方法不同，逆流再生工艺可分为四种再生操作方法：即气顶压、水顶压、无顶压和低流速再生。
空气顶压时气压应维持稳定，气源不可中断。用水顶压时，水从交换器顶部引入，顶压水流量以不乱层的最小流量为佳。
(1)小反洗。从中排装置进水，反洗压脂层中的污物从交换器顶部排出，反洗进行到排水澄清为止。
(2)放水。打开中排放水门，放掉中排装置以上的水，使压脂层处于无水状态。
(3)顶压。从交换器顶部送入压缩空气，使气压维持30～50kPa，定压空气量按上部空间体积计算，一般约为0．2～0．3m3／(m3omin)。用来顶压的空气应经除油净化。
(4)进再生液。在顶压的情况下，将再生液从交换器底部送入，调整好再生液浓度和流速。
(5)置换。当再生液进完后，关闭计量箱出口门，用水在相同流速下进行置换，置换时间30min。置换终点：阳床，酸度≤lOmmol／L；硬度≤lOmmol／L；阴床，碱度≤lOmmol／L。置换结束后，先关下部进水口，然后再停止顶压，以防止乱层。
(6)小正洗。再生后，压脂层中往往有部分残留的再生废液，必须冲洗干净。小正洗时，水从上部进入，从中排装置排水管排出，时问为5～10min。
(7)正洗。从上部进水，下部排水，加大流量进行正洗。阳床正洗至排水Na+含量<0．5mg／L，即可投入正常运行。阴床(一级除盐)正洗至电导率≤5t生S／cm，Si02<100tLg／L时，可投入正常运行。水顶压法和气顶压法基本相同，只不过是用压力水代替压缩空气，使树脂层保持压实状态。在用水顶压时通常保持水压50Pa。水以再生液流量的l～1．5倍从交换器顶部引入，与再生液废液一起从中排装置排出。