反渗透系统中生物污染是膜系统中最严重且最常见的污染，生物污染形成生物粘膜后吸附水中的杂质，为下一代细胞提供养料。生物污染导致膜系统产水量下降，运行压力增加，拖延率降低，甚至会严重到发生望远镜现象和机械损坏。反渗透系统的杀菌剂分为氧化性杀菌和非氧化性杀菌剂。随着反渗透膜不断用在中水回用系统中，生物粘泥成了主要污染源。
氧化性杀菌剂，具有高效、广谱、低毒、药效快、使用方便等优点。对循环水中的大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌黑色变种芽胞等菌类的杀灭率达99.9％以上。可以防止由于细菌的存在而引起的腐蚀。适用于电厂、炼油、化工、化肥、冶金等工业循环冷却水系统作杀菌灭藻和粘泥剥离剂使用。
非氧化性杀菌剂，具有高效、广谱、低毒、药效快、使用方便等优点。对循环水中的大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌黑色变种芽胞等菌类的杀灭率达99.9％以上。可以防止由于细菌的存在而引起的腐蚀。适用于电厂、炼油、化工、化肥、冶金等工业循环冷却水系统作杀菌灭藻和粘泥剥离剂使用。
福佑德水处理公司生产销售较强抑菌能力的反渗透杀菌剂，具有广谱性。