反渗透膜化学清洗的基本原则：选择适宜的化学清洗药剂及合理的清洗方案。
首先确定主要的污染物，选择合适的化学清洗药剂。必要时打开反渗透壳体对膜污染情况进行检查，确定污染物类型，以确定合适的化学药剂和清洗方案。
为达到好的清洗效果，有时会使用酸性、碱性不同的化学清洗药剂进行组合清洗。
清洗程序的选择：先在低pH值范围的情况下进行清洗，去除矿物质垢污染物，然后再进行高pH值清洗去除有机物。
为达到好的清洗效率和延长膜元件寿命的效果，反渗透化学清洗时应选择合适的温度，一般清洗水箱中都设有加热器。
当清洗多段反渗透装置时，有效的清洗方法为分段清洗进行分段清洗可控制清洗流速和清洗液浓度，避免前段的污染物进入下游膜元件，清洗与冲洗流向应保持相同的方向。
系统发生生物污染，考虑在清洗之后，加入反渗透杀菌剂。可在清洗后立即进行，也可在运行期间定期进行(如一星期一次)连续加入一定的剂量。须确认所使用的反渗透杀菌剂与膜元件相容。