①氯酚类
氯酚类化合物是一类应用较早的杀菌剂，主要有一氯酚、双氯酚、三氯酚及其钠盐等。
②季铵盐
季铵盐是一种阳离子表面活性剂，广泛应用于冷却水中微生物的控制。它具有较强的杀菌作用，杀灭大多数微生物，具有良好的渗透性和分散性，与大多数水质稳定剂和处理剂相溶，可在较宽的 pH 值范围内使用，对鱼类等毒性小，易于降解，污染小。
③二硫氰酸甲酯
二硫氰酸甲酯又称二硫氰基甲烷，是一种使用广泛的有机硫杀菌剂，其形态为黄色或近于无色的针状结晶。二硫氰酸甲酯是一种广谱杀菌剂，对细菌、真菌、藻类和原生动物有很好的杀灭作用，尤其对硫酸盐还原菌有较好的杀灭作用。
④异噻唑啉酮
异噻唑啉酮是一类较新的广谱杀菌剂。异噻唑啉酮衍生物纯品的制备和分离工艺比较复杂。用于水处理杀菌剂不需分离纯品，只需一步合成这两个异噻唑啉酮衍生物的混合物即可。
⑤戊二醛
戊二醛是一种快效、快速、广谱的杀菌剂，具有水溶性，可与水以任何比例溶解，加水无色、无臭、无腐蚀，适用 pH 值范围广，能耐高温，是硫酸盐还原菌的匹配药剂，本身可以被生物降解。戊二醛的杀生作用主要是对微生物细胞中蛋白质的交联作用。
⑥酰胺类
某些酰胺类化合物对微生物具有很强的杀灭能力。是一种快效广谱的杀菌剂，其特点是容易水解，高 pH 值，加热，紫外照射均可加速降解。容易被还原剂脱溴变为氰乙酸铵而失去杀生活性。在碱性条件下不稳定，一般限用于pH 值＜ 7.5 或 8.0 的系统。
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