杀菌剂应与分散剂联合使用：
（1）使用分散剂的目的在于分散剂可以把杀死的微生物尸体分散在循环水系统中，可以把污泥从金属表面剥离下来，露出下面没有杀死的微生物，有利于杀菌剂的药性会发。
（2）杀菌剂和分散剂联合使用可明显提高杀菌剂使用效果，药性得以充分挥发。
杀菌剂要交替使用避免微生物产生抗药性：
由于微生物的抗药性特别强，长期单一的投加杀菌剂会是微生物产生抗药性，因此氧化性杀菌灭藻剂和非氧化性杀菌灭藻剂要交替投加使用。
温度和pH值对杀菌剂使用效果的影响：
（1）循环水系统温度升高，杀菌剂的效果变差，如季铵盐等，温度升高，季铵盐杀菌效果变差。
（2）pH对杀菌剂的效果有很大影响，所以循环水系统pH值要保持在稳定状态。
投加方式：
一般考虑冲击式投加药剂，一次性投加大剂量的杀菌剂可以让微生物的数量急剧降低，使微生物不易恢复到原来的状态。
浓缩倍数对杀菌剂投加量的影响：
浓缩倍数低，药剂在循环水系统中停留时间短，杀菌剂的效果得不到更好的挥发，既浪费药剂，又浪费水资源。一般循环水系统浓缩倍数控制在3~5即可。