循环水中当微生物繁殖时，微生物体的分泌物与冷却水中有机物、无机物聚积而形成的粘泥沉积在系统中时，将造成沉积下腐蚀。沉积物上、下界面因溶解氧浓度不同产生了氧浓差电池，于沉积物下发生严重腐蚀现象。
微生物一般可分为细菌类、真菌类以及藻类3种。
由于其散布在自然界各个角落，而冷却水温度及pH常在微生物繁衍的范围内，若未能加以控制，则微生物会不断地繁殖生长，产生粘泥污垢堵塞热交换器，且在粘泥沉积物地方产生沉积物下方腐蚀，导致设备损坏。
此外，藻类之生长需要阳光，故常发生在冷却水塔曝光处及散水盘上，它除因光合作用产生氧气，造成系统腐蚀率提高外，还会腐化木材影响散水效果;藻类有时掉落水中，小者增加冷却水浊度，大者则可能堵塞管路。
循环水系统中微生物引起的腐蚀、粘泥及其生长的控制方法有:
（1）设备选用耐蚀材料；
（2）控制循环水中的氧含量、pH值、悬浮物和微生物的养料等水质指标；
（3）在防腐涂料中添加杀生剂，抑制微生物的生长;采取在冷却水水池加盖、冷却塔的进风口加装百叶窗等措施，防止阳光照射；
（4）设置旁流过滤设备；
（5）对补充水进行混凝沉淀预处理；
（6）以及颇有前途的噬菌体法等；
（7）除上面所列方法之外，目前有效和常用的方法则是向循环水中添加防蚀阻垢剂与杀菌剂。