1.预防碳酸钙垢
(1)定期监测反渗透系统进水中Ca2+和碱度的变化，并及时调整阻垢剂投加量，按照设计浓度投加阻垢剂。
(2)定期检查加药系统是否正常运行，发生计量泵停止运转或者管道污堵的情况，应及时进行整修。
(3)通过在反渗透系统进水中投加适量的盐酸调节进水pH，控制进水pH值＜8.2。
(4)定期清洗反渗透系统，防止发生重度结垢，从而对反渗透膜造成不可逆的损失。
2.预防微生物污染
(1)机械搅拌澄清池中次氯酸钠的投加量需维持出水口余氯在0.3～0.5mg/L，并保证反应时间在30min以上。
(2)有机物作为微生物的营养物质，吸附到膜表面后容易滋生细菌，进水中有机物含量升高时，应提高次氯酸钠的投加量，保证杀菌效果。
(3)春夏季节微生物繁殖较快，每周对膜系统进行一次冲击式非氧化杀菌处理，可以有效预防生物膜污染的发生。
3.预防金属氧化物污堵
(1)定期监测反渗透系统进水中的Fe3+、Al3+和Mn2+含量，控制进水浓度＜0.05mg/L。
(2)预处理采用铁系或铝系混凝剂时，评价混凝效果的同时也要监测余铁或余铝的浓度。
(3)定期检查预处理管道、设备或零部件是否有腐蚀发生，发现腐蚀应及时处理。
(4)反渗透系统进水中硅酸盐含量较高时易发生硅酸铁或硅酸铝沉淀。
(5)选用可以防止Fe、Al污染的中浩远达阻垢剂。
对地表水反渗透系统污染原因进行了分析表明，阻垢剂投加不及时易导致反渗透末端结垢，预处理过程中杀菌不彻底易引起微生物污染，絮凝剂投加过量易导致金属氧化物污堵。
同时，为保证反渗透系统长期稳定运行，应采取以下措施：
(1)夏季地表水容易滋生细菌微生物，原水中次氯酸钠的投加应使机械搅拌澄清池出水余氯维持在0.3～0.5mg/L，以保证预处理杀菌效果，避免反渗透系统发生微生物污染。
(2)调整预处理工艺，确保机械搅拌澄清池出水中不会残留Fe、Al、Mn、Si等金属氧化物和胶体颗粒。
(3)反渗透系统的运行维护应以预防污染为主，实时监测系统运行数据，出现问题及时处理，以此延长反渗透膜的使用寿命，降低系统运行成本。